Nordsøfonden er en offentlig fond og ejes af den danske stat ved erhvervsministeren.

Nordsøfonden administreres til daglig af Nordsøenheden, som er en selvstændig offentlig virksomhed (SOV). Nordsøfonden agerer på kommercielle og markedsmæssige vilkår og indgår i partnerskaber med samme rettigheder og forpligtelser som private selskaber.

Selskabet ledes af en bestyrelse og direktion.

Den daglige ledelse i Nordsøenheden varetages af administrerende direktør Flemming Horn Nielsen samt fire teamledere. 

Nordsøenhedens bestyrelse udpeges af erhvervsministeren.